In tutti i documenti la chiesa e il monastero di San Tommaso in Formis non sono mai segnalati separatamente, dato che indica la loro comune fondazione. Tradizionalmente la fondazione si fa risalire ad Innocenzo III che l’avrebbe voluta proprio per affidarla all’Ordine dei Trinitari. La documentazione tuttavia contraddice tale attribuzione: la chiesa infatti appare già nella Descriptio snctuarii Sancte Lateranensis Ecclesie, redatta tra il 1073 e il 1118. Quindi bisogna per questa data considerare già edificata la chiesa e l’abbazia, anch’essa citata nella Dscriptio. Intorno al 1209, quanto il complesso venne affidato ai Trinitari, Giovanni di Matha fece adattare parte del monastero e i vani dell’antica cisterna per realizzare un ospedale per la cura dei pellegrini e dei malati.Descrizione: Corpo di San Giovanni di Matha, morto nel monastero della chiesa il 17 dicembre del 1213. Le sue spoglie furono tumulate nella chiesa, nel lato destro dell’altare in un mausoleo marmoreo addossato alla parete, il 21 dicembre dello stesso anno. Il 19 marzo del 1655 due confratelli dell’Ordine dei Trinitari (che ormai non risiedeva più presso la chiesa) trafugarono di notte il corpo del loro fondatore e lo portarono a Madrid, dove ancor oggi si venera. Reliquia: Ossa Luogo: Altro
Raccolta di ex voto: Dato non disponibile

La chiesa, già edificata alla fine dell’XI secolo (vedi scheda 20), assunse funzione di santuario a partire dall’anno della morte di Giovanni di Matha, fondatore dell’Ordine dei Trinitari. La fama di santità, la dedizione caritativa verso poveri ed ammalati nell’Ospedale da lui edificato presso la chiesa di San Tommaso in Formis, ne fecero un personaggio molto amato e venerato nella Roma bassomedievale. Anche la cella dove trascorse gli ultimi anni di vita, presso l’abbazia che faceva parte del complesso, divenne luogo di venerazione. All’interno della chiesa invece i fedeli potevano venerare il corpo. Lo spostamento dei Papi ad Avignone e lo scisma d’Occidente, portarono all’allontanamento dei trinitari da San Tommaso. Allontanamento attestato dopo l’elezione dell’Antipapa Clemente VII (1378-1392), alla quale aderì l’allora superiore di San Tommaso in Formis. I Trinitari riuscirono in seguito con alterne vicende a recuperarne il possesso per brevi periodi, ma il santuario cadde in rovina e fu tenuto aperto solo per la messa domenicale. Una tradizione tarda vuole che nel 1209-1210 quando Francesco d’Assisi venne a Roma per l’approvazione della regola, sia stato ospitato da Giovanni di Matha proprio in San Tommaso in Formis. Niccolò IV concesse un anno e quaranta giorni d’indulgenza ai fedeli che avessero visitato la chiesa nel giorno della festa di San Tommaso o nell’ottavario della SS. Trinità, con la bolla Loca Sanctorum del 31 ottobre 1290. La giurisdizione apparteneva al vescovo di Roma, il Papa.

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